La squadra trae le proprie origini dall'Omilos Filomouson ("Amici del club musicale"), una società musicale e sportiva fondata a Salonicco nel 1899. Nel 1902 il sodalizio si dotò di un dipartimento sportivo, che prevedeva anche una sezione calcistica. La prima partita di calcio dell'Omilos Filomouson fu giocata il 23 aprile 1905 contro una squadra di nome Union Sportive e fu vinta dall'Omilos per 3-0.
Qualche tempo dopo il club attraversò una serie di difficoltà finanziarie, superate grazie alla fusione con l'Olympia, da cui nacque, il 29 novembre 1908, il Makedonikos Gymnastikos Syllogos ("Club ginnico macedone"), il cui primo presidente fu un medico, Alkiviadis Maltos. Dopo la rivoluzione dei Giovani Turchi, partita proprio da Salonicco nel 1908, il club fu costretto a cambiare nome e divenne Othomanikós Ellinikós Gymnastikós Sýllogos o Iraklís Thessaloníkis (Οθωμανικός Ελληνικός Γυμναστικός Σύλλογος ο Ηρακλής Θεσσαλονίκης, "Club ginnico greco ottomano Eracle di Salonicco"), in nome del semidio della mitologia greca Eracle (in lingua greca Ηρακλής, Iraklís). La denominazione fu approvata insieme ad un nuovo statuto e a una nuova dirigenza il 13 aprile 1911, in occasione dell'assemblea generale del club. Dopo che Salonicco confluì nel Regno di Grecia, l'operazione di ridenominazione ricevette il placet degli organi giudiziari greci nel 1914 e l'11 gennaio 1915 l'Iraklis divenne un club sportivo pienamente legittimato.
L'8 maggio 2011 fu declassata in seconda divisione per debiti[1].
Nel maggio 2017 retrocesse sul campo in seconda divisione, ma fu declassata in terza serie con sentenza della giustizia sportiva a causa di problemi finanziari. Nell'ottobre del 2017 fallisce a causa di problemi finanziari e abbandona il campionato[2].
- 1975-1976
- 1980-1981, 2014-2015 (gruppo 2)
- 2017-2018 (gruppo 2)
- 1984-1985
- Secondo posto: 1933-1934, 1938-1939, 1946-1947
- Terzo posto: 1950-1951, 1983-1984
- Finalista: 1946-1947, 1956-1957, 1979-1980, 1986-1987
- Semifinalista: 1932-1933, 1957-1958, 1960-1961, 1970-1971, 1974-1975, 1982-1983, 1983-1984, 1993-1994, 1997-1998, 1998-1999, 2000-2001, 2001-2002, 2014-2015
- Semifinalista: 1986
Partecipazioni alle competizioni
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Statistiche nelle competizioni UEFA
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Tabella aggiornata alla fine della stagione 2017-2018.