Fondato da Eloy Montes nel 1925, il Marathón è uno dei club più prestigiosi in Honduras, avendo vinto otto titoli di Lega e finito come finalista della Liga Nacional de Fútbol de Honduras 12 volte. Poco dopo la sua fondazione, il club entrò in una rivalità intensa con l'Olimpia, club con base a Tegucigalpa. Le partite tra questi due club, sono noti come "Clásicos Nacionales". Il Marathón ha avuto una lunga tradizione di giocatori, il più famoso di essi è probabilmente Gilberto Leonel Machado che ha segnato 78 gol con il club. Nel 1995, il Marathón finì terzo in CONCACAF Champions' Cup. Ma a parte i suoi titoli nazionali, è anche famoso per essere l'unico club honduregno che riuscì a sconfiggere il gigante dell'Argentina, River Plate. La casa del club è l'Estadio Olímpico Metropolitano che è anche la sede della Nazionale honduregna.
- 1979, 1985, Clausura 2002, Clausura 2003, Apertura 2004, Apertura 2007, Apertura 2008, Apertura 2009
- 1994, 2017
- Secondo posto: 1966, 1967, 1973, 1980, 1987, Apertura 2001, Clausura 2004, Clausura 2005, Apertura 2005, Clausura 2007, Clausura 2008, Clausura 2012, Clausura 2014
- Finalista: 1972
- Semifinalista: 1995
- (ES) Sito ufficiale, su cdmarathon.com. URL consultato il 22 agosto 2009 (archiviato dall'url originale il 25 gennaio 2009).