Il Campionato sammarinese di calcio a 5 2016-2017 è stata l'undicesima edizione del torneo e ha preso avvio il 26 settembre 2016 per poi concludersi il 18 aprile 2017 con conseguenti play-off che si concluderanno con la finale il 23 maggio 2017. Le squadre sono divise in due gironi, il campionato regolare si è svolto con scontri di andata e ritorno fra le squadre dello stesso girone intervallate da una fase a scontro diretto con le squadre del girone opposto denominata "intergirone". Al termine della stagione regolare le prime tre classificate di ogni girone hanno avuto accesso ai play-off, formula tramite la quale si è aggiudicata il titolo il Tre Fiori Futsal battendo il 23 maggio 2017 il San Giovanni Futsal in finale battendolo 1 a 0. Questa competizione ha dato al Tre Fiori Futsal, per il secondo anno di seguito, la possibilità di partecipare alla Coppa UEFA.
Ai play-off si qualificano le prime tre squadre di ogni girone.
Una squadra viene eliminata nel momento in cui perde due partite. Le vincenti di ogni gara seguono la linea a destra mentre le perdenti seguono la linea verso il basso.