Delle 15 squadre della stagione precedente, nessuna è stata promossa in 1. HNL e 3 sono state retrocesse in 3. HNL
Dalla divisione inferiore 2 squadre sono state promosse, mentre 4 sono state retrocesse da quella superiore, portando così l'organico a 18 compagini.
Due delle 4 squadre retrocesse dalla 1. HNL 2011-12 non si sono iscritte[2]: Karlovac e Varaždin. L'organico della 2. HNL 2012-13 scende a 16 compagini.
Le 16 squadre disputano 30 giornate, al termine delle quali:
Le prime due classificate possono venire promosse in 1. HNL 2013-2014 se ottengono la licenza.[3]
In vista del ridimensionamento dell'organico programmato per la stagione successiva, le ultime 7 classificate vengono retrocesse in 3. HNL 2013-2014.[4]
Hrvatski Dragovoljac e Lučko hanno ottenuto la licenza per la massima divisione, ma solo il primo, entrato fra i primi due posti in classifica, ha potuto presentare domanda di promozione[6]. La licenza per la seconda divisione è stata ottenuta da tutte le squadre eccetto Sebenico, che infatti viene retrocesso.[7]
Legenda: Promossa in 1.HNL 2013-2014. Partecipa agli spareggi promozione/retrocessione. Retrocessa in 3.HNL 2013-2014. Esclusa dal campionato.
Note:
Tre punti a vittoria, uno a pareggio, zero a sconfitta.
In caso di arrivo di due o più squadre a pari punti, la graduatoria viene stilata secondo la classifica avulsa tra le squadre interessate.
Il Rudeš è stato penalizzato di due punti per aver utilizzato un giocatore squalificato nella penultima giornata contro il HNK Gorica
Il Sebenico è stato penalizzato di un punto per aver utilizzato il giocatore Duje Ćaleta-Car, all'epoca solo quindicenne, nella gara della prima giornata contro il Radnik Sesvete. L'età minima per giocare nella 2. HNL è di 16 anni.
Retrocede Il Radnik Sesvete in virtù degli scontri diretti: Gorica−Radnik 0−2 e 3−0.