Il club fu fondato il 21 agosto 1925 a livello amatoriale. Una volta istituito il professionismo nel calcio olandese nel 1954, la società decise di proseguire la sua attività a livello dilettantistico nei campionati minori. Dal 1985 l'FC Emmen ha aderito alle divisioni professionistiche olandesi, venendo di conseguenza ammesso nel campionato di Eerste Divisie sotto la denominazione di BVO Emmen (dove BVO stava per Betaald Voetbal Organisatie, ossia "organizzazione calcio professionistico") per distinguerla dalla sezione dilettantistica che mantenne la denominazione originaria. Dal 2005 la sezione professionistica ha deciso di utilizzare la denominazione fondativa di FC Emmen. Durante la sua permanenza nel calcio professionistico, l'FC Emmen ha esclusivamente militato nel campionato di Eerste Divisie, ma nella stagione 2017-2018, vincendo i play-off contro lo Sparta Rotterdam, parteciperà al campionato di Eredivisie per la prima volta.
L'esordio nella massima serie olandese avviene nel migliore dei modi, con un successo per 2-1 in casa dell'ADO; il primissimo gol in Eredivisie viene realizzato dal difensore Glenn Bijl, mentre il raddoppio è opera di Anco Jansen. Dopo aver subito 9 gol nelle due sfide successive (4 dall'AZ Alkmaar e 5 dall'Ajax), l'Emmen strappa un pareggio casalingo contro l'altra neopromossa del torneo (De Graafschap), prima di ottenere un'altra vittoria esterna sempre per 2-1, questa volta sul campo dell'Utrecht, ribaltando il risultato. Bisogna aspettare 6 partite per vedere l'Emmen trionfare, per la prima volta in casa, contro il NAC per 2-0: nel mentre 3 sconfitte (tra cui il pesante 6-0 sul campo del PSV) e 3 pareggi. Domenica 16 dicembre, partita valida per la 16ª giornata di campionato, l'Emmen ottiene un'incredibile vittoria sul campo del Groningen: sotto di una rete, realizzata all'87º minuto, Nicklas Pedersen mette a segno due gol (il primo all'88º ed il secondo al 93º), ribaltando la situazione e fissando il risultato sull'1-2 finale. Prima della sosta invernale, il club cade tra le mura amiche per 2-0 contro il Willem II. Il 20 gennaio 2019, durante la 18ª giornata di campionato (prima del 2019 nonché prima del girone di ritorno), l'Emmen recupera le due reti di svantaggio nel finale di gara (grazie alla doppietta di Pedersen arrivata dopo l'80º minuto) e ferma il PSV su un incredibile 2-2, in quanto il club di Eindhoven, capolista, prima d'ora aveva perso una sola partita, vincendo le restanti 16. In quanto vincitore della Eerste Divisie 2021-2022, secondo livello del calcio olandese, torna in Eredivisie dopo appena una stagione di assenza.
Bianco, rosso
Paesi Bassi
Robin Peter
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