FMRIB Software Library

La FMRIB Software Library (sigla FSL), che si può tradurre in italiano "libreria software per la risonanza magnetica funzionale", consiste in una serie di programmi che contengono strumenti per l'analisi delle immagini e programmi di statistica per l'analisi dei dati provenienti da immagini di risonanza magnetica funzionale, strutturale e di risonanza magnetica a tensore di diffusione.

FMRIB Software Library software
Genere
Sistema operativo	Linux macOS Microsoft Windows
Linguaggio	Tcl C C++
Licenza	(licenza libera)
Sito web	fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FSL

Il programma FSL è disponibile sia come file binario pre-compilato che come codice sorgente disponibile sia per macOS che per i PC (Linux, Windows 10). Viene concesso gratuitamente per l'utilizzo non commerciale.

Funzioni incorporate in FSL

Functional MRI (Risonanza Magnetica Funzionale)
FEAT	Analisi di fMRI basata su modelli con una interfaccia "GUI" facile ma potente: pre-processamento delle immagini (includente la correzione nel tempo delle ferre "slice timing correction", la correzione dei movimenti del paziente "MCFLIRT" ed il sistema di unwarping "PRELUDE+FUGUE EPI"); Analisi delle serie nel tempo col GLM "FILM" preceduto dal "prewhitening"; registratura d'immagini per immagini spaziali strutturali o standard; ed effetti di analisi dei gruppi generalizzati servendosi di effetti mescolati di analisi dei gruppi utilizzando tecniche d'inferenza bayesiana avanzate.
MELODIC	Analisi di FMRI che prescinde da modelli, dato che utilizza procedure definite "Analisi delle componenti indipendenti" (PICA). MELODIC stima automaticamente il numero di sorgenti interessanti di rumore e di segnale nei dati anche perché il "modello di rumore" associato, è in grado di assegnare significanze ("valori-p") alle mappe spaziali che vengono ricostruite.
FLOBS	Generazione di funzioni base HRF ottimali e di stime di attivazione bayesiana.
SMM	Spatial Mixture Modelling - Modellazione di Miscele Spaziali - test di ipotesi alternative utilizzando la modellazione di miscele di istogrammi con la regolarizzazione spaziale della classificazione in attivazione e non-attivazione.
MRI Strutturale
BET / BET2	Brain Extraction Tool - Strumento per l'Estrazione Cerebrale - che segmenta (separa) il cervello dal non-cervello in dati strutturali e funzionali, e fornisce una modellazione delle superfici del cranio e dello scalpo.
SUSAN	Riduzione del rumore non-lineare.
FAST	FMRIB's Automated Segmentation Tool - Strumento di Segmentazione Automatico - esegue la segmentazione del cervello (in diversi tipi di tessuto) e fa correzioni del campo di bias (bias field correction).
FLIRT	FMRIB's Strumento di Registratura delle immagini Lineare - redistratura lineare inter e intra modale.
FUGUE	Risolve le distorsioni geometriche nelle immagini EPI utilizzando mappe del campo B0.
SIENA	Analisi del cambiamento strutturale del cervello, per poter stimare l'atrofia cerebrale.
MRI in Diffusione
FDT	Strumenti per la Diffusione della FMRIB - strumenti per la ricostruzione dei parametri di diffusione di basso livello e per la trattografia probabilistica.
TBSS	Tract-Based Spatial Statistics (parte degli strumenti di FMRIB per l'analisi delle immagini in diffusione) - analisi in base ai voxel (voxelwise) dei dati di diffusione in più soggetti.
Altri strumenti
Inference	Diversi strumenti di inferenza/soglia, che includono: Randomise (attrezzo basato sulla permutazione per la determinazione della soglia statistica non-parametrica), Cluster (determinazione della soglia basato su gruppi che utilizza la teoria GRF per l'inferenza), FDR (false discovery rate inference), Glm (una interfaccia grafica per l'utente che serve a creare matrici di modello di design).
FSLView	Strumento interattivo per mostrare dati in 3D e 4D.
AVWUTILS	Miscelanea di dispositivi per convertire e processare immagini.

Storia e sviluppo

FSL è stato scritto e viene portato avanti principalmente dai componenti del FMRIB (Functional Magnetic Resonance Imaging of the Brain) Analysis Group, sito nell'Università di Oxford, in Inghilterra. La prima versione del software FSL è uscita nel 2000; di solito in ogni è uscita una nuova versione. Il FMRIB Analysis Group viene finanziato principalmente dai concili di ricerca del EPSRC e del Medical Research Council del Regno Unito.

Voci correlate

• 3D Slicer
• ImageJ
• Neuroimaging
• Statistical Parametric Mapping

Collegamenti esterni

• Sito ufficiale, su fsl.fmrib.ox.ac.uk.
• (EN) FMRIB Analysis Group, su fmrib.ox.ac.uk. URL consultato il 25 aprile 2010 (archiviato dall'url originale il 13 gennaio 2010).