Pribnow box
In biologia molecolare, si definisce Pribnow box (o Pribnow-Schaller box, dall'inglese box=scatola) la sequenza di sei nucleotidi TATAAT che costituisce parte essenziale del promotore dei geni degli organismi procarioti. Tale sequenza è così definita in seguito agli studi estensivi sul tema di David Pribnow ed Heinz Schaller[1][2] Si tratta di una sequenza consenso (cioè di una sequenza che si presenta in un elevatissimo numero di promotori analizzati) posta a dieci nucleotidi dal sito di inizio della trascrizione (motivo per cui è anche definita sequenza -10).
La Pribnow box ha funzioni simili alla TATA box presente nei promotori eucariotici: è infatti riconosciuta da una subunità della RNA polimerasi nella fase di inizio della trascrizione. Tale regione è anche la prima ad essere aperta per permettere la trascrizione stessa: l'elevata presenza di adenina e timina è fondamentale perché, a differenza di quello tra citosina e guanina, il legame tra questi due nucleotidi è più debole (presenta due legami idrogeno invece di tre) e la doppia elica si potrà aprire con maggior facilità rispetto ad una sequenza che presenti le 4 basi in sequenza casuale, e a maggior ragione di una che presenti molte associazioni citosina-guanina( C-G).
La sequenza risulta particolarmente conservata nel caso di sequenze consenso di promotori forti, che possono presentare anche un altro sito in posizione -35 (rispetto alla posizione +1 di inizio della trascrizione ) che favorisce il corretto inizio della trascrizione.
I sei nucleotidi della sequenza non hanno tutti stessa probabilità di essere presenti. I più probabili sono i primi due e l'ultimo, mentre le tre posizioni intermedie presentano un grado di variabillità più alto[3]
| T | A | T | A | A | T |
| 82% | 89% | 52% | 59% | 49% | 89% |
Note
modifica- ^ David Pribnow (1975). Nucleotide sequence of an RNA Polymerase Binding Site at an Early T7 Promoter. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 72:784-788.
- ^ Heinz Schaller, Christopher Gray, and Karin Herrman (1975). Nucleotide Sequence of an RNA Polymerase Binding Site from the DNA of Bacteriophage fd. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 72:737-741.
- ^ Calvin B. Harley and Robert P. Reynolds (1987). Analysis of E. coli promoter sequences. Nucleic Acids Res. 15(5):2343-61.
