RasMol
RasMol è un programma per computer ideato per visualizzazione di grafica molecolare con l'obiettivo di essere usato principalmente per la rappresentazione e l'esplorazione di strutture macromolecolari biologiche, come quelle della Protein Data Bank.
| RasMol software | |
|---|---|
 | |
| Genere | Bioinformatica Elaboratore di formule Chemioinformatica |
| Sviluppatore | Herbert J. Bernstein |
| Data prima versione | 1992 |
| Ultima versione | 2.7.5.1 (17 luglio 2009) |
| Sistema operativo | |
| Linguaggio | C |
| Licenza | GNU General Public License (licenza libera) |
| Sito web | www.rasmol.org/ |
È stato originariamente sviluppato da parte di Roger Sayle nei primi anni novanta.[1] Storicamente è stato un importante strumento per i biologi molecolari poiché il programma estremamente ottimizzato permetteva di girare su personal computer che allora erano moderatamente potenti. Prima dell'avvento del programma RasMol, i software di visualizzazione giravano su stazioni di lavoro grafiche che, per il loro alto costo, erano poco accessibili agli studenti. RasMol è diventato adesso uno strumento educativo importante come pure continua ad essere un importante strumento per la ricerca in biologia strutturale.
Iniziando con le serie delle versioni 2.7,[2] RasMol è concesso sotto licenza doppia (GPL o licenza RASLIC[3]). Perciò, RasMol è (insieme con Molekel, Jmol e PyMOL), tra i pochi programmi di visualizzazione molecolare open source disponibili.
RasMol include un linguaggio di linguaggio di programmazione (per selezionare certe catene proteiche, o cambiare colori ecc.). Jmol ha incorporato il linguaggio di scripting di RasMol nei suoi comandi.
I file Protein Data Bank (PDB) possono essere scaricati per la visualizzazione dal Protein Data Bank (PDB) bank in Europa, Giappone o in America. Questi sono stati caricati dai ricercatori che hanno caratterizzato la struttura delle molecole solitamente tramite diffrazione dei raggi X o spettroscopia a risonanza magnetica nucleare di proteine.
Comunicazione interprocesso
modificaSu piattaforme UNIX Rasmol può comunicare con altri programmi via Tcl/Tk. Sotto Microsoft Windows, è utilizzato Dynamic Data Exchange (DDE).
- multiple alignment program. La classe Java responsabile può essere utilizzata liberamente in altre applicazioni.
Note
modifica- ^ Roger Sayle, E. James Milner-White. "RasMol: Biomolecular graphics for all", Trends in Biochemical Sciences (TIBS), Settembre 1995, Vol. 20(9):374
- ^ Herbert J. Bernstein, "Recent changes to RasMol, recombining the variants, Trends in Biochemical Sciences (TIBS), Settembre 2000, Vol. 25 (9): 453-455
- ^ RASLIC license
Voci correlate
modificaAltri progetti
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Wikimedia Commons contiene immagini o altri file su RasMol
Collegamenti esterni
modifica- (EN) Sito web ufficiale, su rasmol.org.
- (EN) Download RasMol (production releases), su bernstein-plus-sons.com.
- (EN) Development Source Repository (bleeding edge), su blondie.dowling.edu. URL consultato il 29 marzo 2009 (archiviato dall'url originale il 3 luglio 2007).
- (EN) Source Repository (stable), su sourceforge.net.
- (EN) Data files (in Europa), su pdbe.org.
- (EN) Data files (in Giappone), su pdbj.org.
- (EN) Data files (in USA), su rcsb.org. URL consultato il 29 marzo 2009 (archiviato dall'url originale il 28 agosto 2008).
- (EN) Early RasMol development history (TXT), su umass.edu.
- (EN) Later RasMol development history, su rasmol.org.
