Il Bangor City venne fondato il 18 dicembre 1876, dopo che alcuni maggiorenti locali si erano riuniti in una sala del tribunale. Il club ha la divisa completamente blu, mentre quella da trasferta è gialla.
Prima della nascita del campionato nazionale gallese nel 1992, il club partecipava ai campionati inglesi; in particolare, vinse la Northern Premier League nel 1981–82, conquistandovi invece un secondo posto nella stagione 1986–7 ed un terzo posto nella stagione 1977-1978. Al termine della stagione 1978–79, giocata sempre in questa lega, il Bangor City divenne uno dei club fondatori della Alliance Premier League (de facto un campionato di quinta divisione, anche se sarebbe diventato ufficialmente tale solo a partire dalla stagione 1986–87); dopo due stagioni il club retrocedette però nuovamente in Northern Premier League; nella stagione 1983–84 ha raggiunto inoltre la finale di FA Trophy, competizione nella quale nella stagione 1980–81 era invece stato semifinalista.
Nel 2008 il Bangor City ha vinto la sua sesta Coppa del Galles, ripetendosi anche nei due anni successivi. Inoltre la squadra ha partecipato a diverse competizioni europee (Coppa Intertoto, Coppa delle Coppe e Coppa UEFA), superando un solo turno contro i norvegesi del Frederikstad grazie alla regola dei gol in trasferta. Nella stagione 2010–11 ha conquistato il suo terzo titolo nazionale grazie alla decisiva vittoria per 1-0 ottenuta nell'ultima giornata contro il TNS che prima dell'ultima gara vantava un punto di vantaggio in classifica rispetto al Bangor City.