Il primo club calcistico di Pernik fu fondato nel 1919. Nel 1944, dalla fusione tra SK Krakra (fondato nel 1919), SK Svetkavitsa (fondato nel 1932), SK Benkovski (fondato nel 1936) e ZHSK (fondato 1941) si costituì l'SK Rudnichar. Dopo la seconda guerra mondiale la Bulgaria divenne una repubblica popolare e il nome del club divenne Republikanec '46, mentre nel 1952 fu mutato in Profesionalen Futbolen Klub Minjor Pernik (in bulgaro minjor significa "minatore").
Nel 1951 il club entrò a far parte della massima divisione bulgara. L'esordio in massima serie avvenne il 2 marzo 1951 contro il Černo Zname Sofia. Da quell'anno il Minjor pose le basi per la costruzione di una solida squadra, capace di affermarsi come una delle compagini calcistiche più forti del paese fino al 1962. Nel 1955 e nel 1961 il Minjor chiuse al quarto posto della classifica e nel 1956 piazzò il proprio capitano Pavel Vladimirov al primo posto della classifica dei marcatori del campionato, con 16 gol. Vladimoriv detiene il record di presenze con il Minjor, 305, e di gol segnati con la casacca della squadra, ben 98. Nel 1958 la squadra giunse a disputare la finale della Coppa di Bulgaria, persa contro lo Spartak Plovdiv.
Nel 1962 la squadra, reduce dal quarto posto dell'anno prima, retrocesse in seconda divisione e per i successivi quarantacinque anni oscillò tra prima e seconda serie, con frequenti promozioni seguite da immediate retrocessioni.
Alla promozione del 2008 seguirono cinque annate consecutive in massima serie, terminate nel 2013. Nel 2013-2014 la squadra, oberata da problemi finanziari, dovette ripartire dalla terza serie, dove rimase per sei anni, prima di tornare in seconda divisione nel 2020.
Aggiornata al 1º agosto 2020.
- 2019-2020
- Finalista: 1958
- Semifinalista: 1973-1974, 2008-2009
- Secondo posto: 1989-1990, 1995-1996, 2007-2008