Il Seinäjoen Jalkapallokerho è nato nel 2007 dalla fusione del TP-Seinäjoki con il Sepsi-78[1]. Nella stagione 2008 si iscrisse in Kakkonen, la terza serie del campionato finlandese di calcio. Nel 2011 alla quarta stagione consecutiva in Kakkonen arrivò la vittoria del girone e la promozione in Ykkönen[1]. Alla prima partecipazione alla Ykkönen concluse il campionato al secondo posto dietro al RoPS, ma l'anno successivo riuscì a vincere il campionato, venendo promosso in Veikkausliiga, la massima serie del campionato finlandese[1]. La stagione 2014 iniziò con la conquista del primo trofeo della storia del club, la Liigacup, vinta grazie al successo per 1-0 sul VPS[2]. Alla prima stagione in Veikkausliiga, con Simo Valakari alla guida della squadra, conquistò il secondo posto dietro all'HJK e distanziando di un solo punto il Lahti[1]. Grazie al secondo posto l'SJK guadagnò la qualificazione alla UEFA Europa League 2015-2016, competizione dalla quale fu eliminata al primo turno preliminare dalla squadra islandese dell'FH Hafnarfjörður con un doppio 1-0. L'atteso trionfo giunse al termine della stagione 2015, quando il 25 ottobre 2015 grazie alla vittoria casalinga per 2-0 contro lo Jaro, davanti a più di 6 000 spettatori, l'SJK si aggiudicò per la prima volta il titolo di Campione di Finlandia[1]. La vittoria del campionato giunse dopo un finale di campionato molto acceso e aperto, con la conquista della vetta della classifica a tre giornate dal termine e concludendo con il RoPS a solo un punto di distanza dalla capolista e con l'HJK a 2 punti[1]. La vittoria del campionato ha consentito all'SJK di accedere per la prima volta alla UEFA Champions League per l'edizione 2016-2017, partendo dal secondo turno preliminare e affrontando i bielorussi del BATĖ Borisov: dopo aver perso la gara di andata in trasferta per 2-0, non è riuscito ad andare oltre il pareggio per 2-2 nella gara di ritorno giocata in casa, venendo così eliminato[3]. Nel 2016 l'SJK ha conquistato la sua prima Suomen Cup, battendo in finale l'HJK dopo i tiri di rigore[4]. Grazie a questa vittoria si è qualificato al primo turno preliminare della UEFA Europa League 2017-2018, venendo subito eliminato dagli islandesi del KR Reykjavík[5].
^(FI) SJK juhlii Respect Suomen Cupin voittoa, su palloliitto.fi, 24 settembre 2016. URL consultato il 24 settembre 2016 (archiviato dall'url originale il 27 settembre 2016).