Motivo RNA Asd
Il motivo RNA asd è una catena di RNA a struttura conservata che si trova in alcuni batteri dell'acido lattico. Il motivo asd è stato rilevato sia in vitro, con valutazioni bioinformatiche [1], che in vivo: un singolo motivo RNA asd è stato rilevato nello Streptococcus pyogenes da esperimenti di microarray e di Northern Blot come una molecola di 170 nucleotidi chiamata "SR914400".[2] È stato determinato che il sito di inizio della trascrizione per SR914400 corrisponde all'estremità 5′ della molecola mostrata nel diagramma di consenso.
Alcuni RNA asd sono associati a geni associati ad una funzione di regolazione cis.[3] Tuttavia, diverse evidenze suggeriscono che questo non è il ruolo biologico degli RNA asd :
- In alcuni casi il motivo RNA asd è assente dall'estremità 5' non tradotta dei geni annotati.
- In Streptococcus mutans, immediatamente a valle del terminatore della trascrizione che segue l'RNA asd, c'è un forte promotore [4] di un gene. Questa disposizione suggerisce che il gene viene trascritto successivamente alla terminazione della trascrizione dell'RNA asd.
- Nonostante che il gene asd codifichi l'enzima aspartato-semialdeide deidrogenasi, che partecipa alla sintesi di metionina, lisina e treonina, i livelli di trascrizione del gene asd rimangono costanti anche al variare delle concentrazioni di questi amminoacidi.[4]
Note
modifica- ^ Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, Yang J, Corbino K, Moy RH, Breaker RR, Comparative genomics reveals 104 candidate structured RNAs from bacteria, archaea, and their metagenomes, in Genome Biology, vol. 11, n. 3, marzo 2010, pp. R31, DOI:10.1186/gb-2010-11-3-r31, PMID 20230605.
- ^ Perez N, Treviño J, Liu Z, Ho SC, Babitzke P, Sumby P, A genome-wide analysis of small regulatory RNAs in the human pathogen group A Streptococcus, in PLOS ONE, vol. 4, n. 11, novembre 2009, pp. e7668, DOI:10.1371/journal.pone.0007668, PMID 19888332.
- ^ Rosinski-Chupin I, Sauvage E, Sismeiro O, Villain A, Da Cunha V, Caliot ME, Dillies MA, Trieu-Cuot P, Bouloc P, Lartigue MF, Glaser P, Single nucleotide resolution RNA-seq uncovers new regulatory mechanisms in the opportunistic pathogen Streptococcus agalactiae, in BMC Genomics, vol. 16, n. 1, maggio 2015, pp. 419, DOI:10.1186/s12864-015-1583-4, PMID 26024923.
- ^ a b Cardineau GA, Curtiss R, Nucleotide sequence of the asd gene of Streptococcus mutans. Identification of the promoter region and evidence for attenuator-like sequences preceding the structural gene, in The Journal of Biological Chemistry, vol. 262, n. 7, marzo 1987, pp. 3344–3353, DOI:10.1016/S0021-9258(18)61509-1, PMID 2434499.
